هرچند شهر اصفهان از  دیرباز دارای مراکز بزرگ آموزشی در زمینه علوم دینی و فلسفی و طب بوده ، اما تا سال 1329ه.ش/1950م آموزشگاه عالی بهداری تنها مرکز علمی پزشکی درشهر اصفهان بود که به شکل نوین به امر آموزش عالی در این شهر اختصاص داشت. افزایش جمعیت و پیشرفت های اجتماعی و فرهنگی و احتیاج مبرم به دانش روز سبب گردید که اهالی این شهر تقاضای تاسیس دانشگاه پزشکی را از مقامات مسئول داشته باشند و در نتیجه دانشکده پزشکی اصفهان در سال 1329شمسی دایر و آغاز به تربیت دانشجویان پزشکی کرد. اما پس از مدتی از فعالیت  اعضاء هئیت علمی دانشکده پزشکی اصفهان ، نیاز به تهیه فراورده های دارویی بیش از بیش نیاز شد. از آنجا که تربیت داروساز جهت رفع نیاز های درمانی کشور و تربیت کادر متخصص برای تامین خدمات درمانی و به کار گماردن آنها در آزمایشگاه های کنترل دارو در صنایع دارویی برای ساخت و تهیه فراورده های دارویی و انجام تحقیقات علمی در زمینه داروسازی اهمیت ویژه ای داشت، تاسیس دانشکده داروسازی از ملزومات و در دستور کار قرار گرفت. تقاضاهای مکرر و آمادگی اعضای هئیت علمی دانشکده پزشکی سبب شد تا دستورتاسیس دانشکده داروسازی در جلسات مختلف شورای دانشکده پزشکی مطرح شود. پس شور و بررسی و با توجه به نیاز کشور به ایجاد دانشکده داروسازی ، ضمن تلگرافی به تاریخ 21/8 /1335به شاه سابق خواستار تاسیس دانشکده داروسازی شدند.پس از اعلام موافقت شاه با احداث دانشکده داروسازی، تلگرافی از طرف وزیر وقت فرهنگ، دکتر مهران به دانشکده پزشکی مخابره شد. متن تلگراف به شرح ذیل می باشد:
آقای دکتر اوژند عطف به تلگراف 3350 به دربار شاهنشاهی در موضوع استدعای کسب اجازه از پیشگاه ملوکانه برای تاسیس دانشکده داروسازی در صورتی که از حیث وسائل فنی و معلم خطوری نیست اقدام نمائید.
پس از وصول تلگراف مذکور مسئولین دانشکده پزشکی با همکاری علاقمندان به تاسیس دانشکده داروسازی، فعالیت خود را در مورد تنظیم و تدوین برنامه ها و آئین نامه ها آغاز کردند و پس از تهیه مقدمات و تجهیزات لازم نسبت به پذیرش دانشجو اقدام نمودند. امتحان ورودی در تابستان 1335شمسی برگزار گردید و 13نفر جهت تحصیل انتخاب شدند. برنامه تحصیلی رشته داروسازی در آن زمان مطابق برنامه تحصیلی دانشکده داروسازی تهران اجرا شد. دوره تحصیلی برای اخذ دکترای داروسازی حداقل 5سال و حداکثر 7سال بود. لازم به ذکر است به علت فقدان وسائل مورد نیاز برای برخی از آزمایشات، این آزمایشگاه برای دانشجویان در ماه تابستان در شهر تهران برگزار می گردید. دانشکده داروسازی تا سال 1337 ضمیمه دانشکده پزشکی بود اما پس از آن با تلاشهای پیگیر اعضای هئیت علمی دانشکده و مساعدت وزارت فرهنگ، این دانشکده در سال 1337 از دانشکده پزشکی جدا و به صورت یک واحد آموزشی مستقل به کار خود ادامه داد.